ISSR

发布时间:2022-08-19浏览次数:80

ISSR

ISSR/简单重复序列间扩增

ISSR ( inter simple sequence repeat) 又称简单重复序列间扩增,是近年来发展起来的一类新型的分子标记技术。该技术根据植物基因组中丰富的简单重复序列设计单一引物,对基因组DNA进行扩增,利用了RAPD技术的优点和基因组中丰富的SSR序列信息,具有操作简单、可靠性强、重复性高、DNA模板用量少、不需预先设计引物的特点,可用来揭示样本间的遗传多样性。

1)PCR-ISSR实验路线

前期确认阶段:试验样本类型,数量,引物,签订试验合作合同;

试验费用:DNA提取30元一个样本,PCR+电泳检测15元一个反应,分析单独收费(视工作量而定);23个样本,10对引物包括引物筛选试验费用大约5000元。

试验阶段:DNA提取,PCR扩增,电泳检测

数据分析:和客户详细沟通,确认分析方案:读取01矩阵;聚类分析;多样性分析;多态位点数(AP) 、多态位点百分率( P) 、平均等位基因数(N a) 、有效等位基因数(N e) 、Nei′s基因多样性指数(H) 、Shannon′s信息指数( I) 、遗传分化度(Gst)等。利用NTSYS进行聚类分析。

2)客户提供:

★ 基因组DNA:

●浓度为50-100ng/μL;(每个位点用2-3LμL,请根据引物数计算总体积)

●2%琼脂糖电泳检测有DNA主带,没有降解;

●DNA经过DNA纯化试剂盒或磁珠纯化;

●DNA需溶解在TE或灭菌的去离子水里;

●DNA溶解后,肉眼看不到杂色;

★ 植物材料: 新鲜组织,叶片采用硅胶干燥后或干冰运输;

★ 动物材料: 新鲜组织,无水乙醇封存低温运输;

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