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MSAP
甲基化敏感扩增多态性,它是在扩增片段长度多态性技术的基础上建立起来的。MSAP技术相对其他测定DNA甲基化程度技术有如下优点:
(1)不需知道被测DNA的序列信息,在不同生物上具有通用性,可用于DNA序列背景知识未知的生物。
(2)操作相对简便,在AFLP技术体系的基础上不需要太大改进,即可操作。
(3)可在全基因组范围检测CCGG位点的胞嘧啶甲基化变化。MSAP技术的局限性在于不能完成非CCGG位点的胞嘧啶甲基化。
MSAP的选择扩增产物目前主要通过两种方法进行分离检测,传统的聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)的方法和自动化程度较高的毛细管凝胶电泳(FISH)进行检测。
PAGE方法主要是优点是引物可以是普通引物,适用于少量样本或者大量样本的引物筛选比较合适,另外还可以对差异条带进行克隆测序,获得差异条带的序列信息。
毛细管电泳检测方法的优点是自动化,可以对大量样本进行实验,速度快,后期的条带读取可以依靠软件,降低了人为读取的标准不一。
1)MSAP服务内容
1 样本基因组DNA的提取
2 筛选多态性较好的引物(酶切,预扩,选择性扩增)
3-1 在ABI3730xl测序仪上完成数据采集
3-2 或是在JY-CX2B型 测序电泳槽上完成PAGE 检测(可以回收差异带)
数据分析:和客户详细沟通,确认分析方案:读取01矩阵,PAGE胶建议客户自己读取;
2)客户提供:
★ 基因组DNA:
●至少15μL样品,浓度为50-100ng/μL;
●2%琼脂糖电泳检测有DNA主带,没有降解;
●DNA经过DNA纯化试剂盒或磁珠纯化;
●DNA需溶解在TE或灭菌的去离子水里;
●DNA溶解后,肉眼看不到杂色;
★ 植物材料: 新鲜组织,叶片采用硅胶干燥后或干冰运输;
★ 动物材料: 新鲜组织,无水乙醇封存低温运输;
3)试验费用:
MSAP 毛细管电泳检测 | 按照96个样本进行随机8对引物计算,提供01矩阵 | ||
项目 | 单价 | 数量 | 金额 |
DNA提取 | 30 | 96 | 2880 |
引物 | 300 | 0 | 0 |
酶切 | 40 | 192 | 7680 |
预扩 | 15 | 192 | 2880 |
选择性扩增 | 10 | 1536 | 15360 |
毛细管检测 | 800 | 16 | 12800 |
读带、分析 | 议价 | ||
合计 | 41600 | ||
MSAP PAGE电泳检测 | 按照25个样本进行随机8对引物计算,提供PAGE胶图 | ||
项目 | 单价 | 数量 | 金额 |
DNA提取 | 30 | 25 | 750 |
纯化 | 10 | 25 | 250 |
酶切 | 40 | 50 | 2000 |
预扩 | 15 | 50 | 750 |
选择性扩增 | 10 | 400 | 4000 |
PAGE检测 | 800 | 8 | 6400 |
读带、分析 | 议价 | ||
合计 | 14150 |